לשכת המדען תומכת ביזמות ובפרויקטים למו"פ לפיתוח תעשייה עתירת ידע, יעילה ורווחית, בעלת כושר תחרות בפעילות הכלכלית הבינלאומית. המדען מפעיל מסלולי תמיכה שונים: מסלול בקשה רגילה, חממות טכנולוגיות, קרן הזנק, תכנית תנופה מגנ"ט, מגנטון, נופר, תאוצה, ומסלולי סיוע מגוונים לשת"פ בינלאומי. מסלול בקשה רגילה – תוכנית התומכת במו"פ תעשייתי תחרותי הינו מסלול התמיכה הנפוץ מבין מסלולי המדען.
היתרונות בפניה למדען: אין דרישה לאקוויטי, אין התערבות בניהול החברות, השתתפות המדען בסיכון שבפיתוח, תשלום תמלוגים רק עם השגת הצלחה במכירת המוצר שפותח, הכרת המדען בפיתוח המוצר וגיבוש תוכנית פיתוח שיטתית ומקצועית.
הקריטריונים לקבלת תמיכה מהמדען הראשי כוללים: פיתוח מוצר/תהליך הנושא חדשנות טכנולוגית, יכולת החברה לבצע הפיתוח ולממן חלקה בפיתוח ושוק בינלאומי קיים למוצר נשוא הפיתוח.
הוצאות מוכרות למו"פ: שכר, תקורה, חומרים, קבלני משנה, ציוד, רישומי פטנט, רישיונות תוכנה והוצאות שונות שאושרו לתוכנית הפיתוח.
תהליך הבקשה: הכנת תוכנית והגשתה למדען, בדיקה פיננסית, ביקור בודק מקצועי, ועדה. משך התהליך תלוי במועד ההגשה בשנה. בממוצע התהליך אורך כשלושה חודשים. במסלולים מסוימים קיימים מועדי הגשה קבועים.
הגשת דוחות: דוחות כספיים בכל תום רבעון, דו"ח כספי מבוקר וכן דו"ח טכני מסכם בתום תקופת התוכנית בקשות לשינויים בתוכנית הפיתוח ניתן להגיש עד שלושה חודשים לפני תום תקופת התוכנית.
העברת ייצור/ידע לחו"ל: ניתן להעביר חלק מהייצור לחו"ל, על החברה להצהיר על כך מראש, כמו כן ניתן להעביר ידע לחו"ל תמורת תשלום תמלוגים מוגדלים.
מסלולי התמיכה של המדען הראשי:
מסלול בקשה רגילה - תוכנית התומכת במו"פ תעשייתי תחרותי של חברות. המענק ניתן עבור הוצאות מו"פ מוכרות בלשכת המדען הראשי, בשיעור השתתפות של עד 50%. מסלול סיוע זה הינו הנפוץ ביותר מבין מסלולי המדען.
מגנ"ט - תכנית שמטרתה עידוד לפיתוח תשתיות טכנולוגיות גנריות שישמשו פלטפורמה לפיתוח מוצרים עתידיים, ע"י שיתוף פעולה בין מספר תאגידים תעשייתיים ומוסדות מחקר אוניברסיטאיים, הפועלים במסגרת קונסורציום או איגוד משתמשים. שיעור המענק לחברה תעשייתית הינו עד 66% ולמוסד המחקר 80%.
מגנטון - תוכנית לעידוד העברת טכנולוגיות מהאקדמיה לתעשייה למימוש הישגי המחקר האקדמי ליישום תעשייתי, מבוססת על שיתוף פעולה דואלי בין האקדמיה לבין חברה תעשייתית. שיעור הסיוע עד 66% מהתקציב המאושר שלא יעלה על 3,400,000 ₪. לכל תקופת התוכנית (מקסימום שנתיים).
נופר - תוכנית שמטרתה יישום מחקרים אקדמיים בתחום הביוטכנולוגיה, ע"י הכוונתם לתחום תעשייתי בעל פוטנציאל כלכלי. פעילות המחקר תבוצע בעיקרה באקדמיה כשלב מכין, והמשכה בד"כ במסגרת מגנטון או בחממה טכנולוגית. שיעור הסיוע עד 90% מהתקציב המאושר, כאשר הגורם התעשייתי מתחייב לממן ₪ מעלות תכנית המחקר. תקרת המענק לכל תקופת המחקר 420,000.
חממות טכנולוגיות - תכנית לעידוד יזמות טכנולוגית, סיוע בשיעור של 85% מההוצאות המוכרות ועד לגובה של 2.1 מיליון ₪ לתקופה של שנתיים, שירותי אדמיניסטרציה, ליווי ניהולי עסקי וסיוע בגיוס הון נוסף.
תכנית תנופה - תוכנית לעידוד יזמות טכנולוגית ע"י תמיכה בפעילות היזם בראשית צעדיו, במטרה לקדם ₪ רעיון טכנולוגי חדש לקראת מימוש תעשייתי. שיעור הסיוע 85%, תקרת הסיוע 210,000.
שיתוף פעולה בינלאומי - המדען תומך בשיתופי פעולה בינלאומיים בכמה מסגרות: קרנות דו לאומיות, תכנית המו"פ של האיחוד האירופי, יורקה, והסכמים רב לאומיים.